白塞氏病是不會自愈的,目前尚無有效的根治方法,往往是需要對癥治療,針對眼炎進行治療以及血管炎的治療,局部治療方面,對于口腔潰瘍可以涂抹含激素制劑的藥膏,或者口腔潰瘍糊膏劑以減輕疼痛,促進潰瘍愈合。
附近潰瘍愈合生殖器潰瘍可用高錳酸鉀溶液清洗,在涂以抗生素軟膏。如有眼睛色素膜炎,急性發作時,可用各種散瞳劑來滴眼,預防色素膜,炎癥后黏連。炎癥者嚴重時,球結膜下可注射地塞米松,減輕炎癥的滲出。白塞氏病造成嚴重的眼炎或者血管神經,胃腸道等重要臟器損害時,需要積極應用藥物治療。通常用大劑量糖皮質激素聯合免疫抑制劑,如環磷酰胺,硫唑嘌呤,環孢素a等。