治療功能性胃病首先要讓病人認識這種疾病對于健康影響不大,應該讓病人建立治療疾病的信心,并且要改善不良的生活習慣,比如要忌煙,忌酒,停止服用非甾體抗炎藥物等等。功能性胃病沒有特殊的食譜,但是應該避免個人生活經歷中會誘發癥狀的食物,對于失眠和焦慮的患者可以適當應用鎮靜藥,藥物治療方面主要是對癥治療。
如果患者有非進餐相關的消化不良。主要表現為上腹部疼痛或燒灼,可以應用H2受體拮抗劑或質子泵抑制劑,來抑制胃酸分泌,如果患者有上腹部飽脹,早飽、曖氣等等消化不良的癥狀,可以給予促胃腸動力藥物,比如嗎丁啉、莫沙必利或依托必利,對于少部分有幽門螺桿菌感染的患者,要給予根除幽門螺桿菌治療。病人如果消化不良的癥狀比較重,也可以給予消化酶和微生態制劑。