對于細菌性腸炎最重要的就是抗生素的選擇,一般要進行大便細菌培養和藥物敏感實驗的檢查,在獲得結果之前,可以經驗性的使用哌拉西林、頭孢菌素或氟喹諾酮類,像哌拉西林他唑巴坦、頭孢他啶、頭孢哌酮舒巴坦或左氧氟沙星進行治療。也可以聯合一些抗厭氧菌的藥物,像替硝唑、奧硝唑等等。
獲得了藥物敏感試驗結果之后,根據治療效果和藥物敏感試驗結果再選擇是否更換抗生素。根據患者的脫水情況,還可以選擇靜脈輸液或口服補液鹽,此外還可以用黏膜保護劑和益生菌制劑,像蒙脫石散可以發揮很好的止瀉作用;雙歧桿菌三聯活菌片可以補充益生菌,改善腹瀉癥狀。