對于潰瘍性直腸炎的患者,首先應該控制炎癥反應,然后考慮經過治療,促進黏膜愈合,防治并發癥,從而達到改善病人生存質量的目的。控制炎癥反應首選氨基水楊酸制劑,包括5-氨基水楊酸和柳氮磺吡啶,這一類的藥物用于輕中度的潰瘍性直腸炎,也可以應用柳氮磺吡啶栓或者是灌腸劑。
對于中重度的潰瘍性直腸炎的病人,可以應用糖皮質激素,如果是對于激素效果不佳,可以選用免疫抑制劑,常用的免疫抑制劑有硫唑嘌呤和巰嘌呤。但是免疫抑制劑常見的不良反應有胃腸道癥狀和骨髓抑制,所以在使用期間應該定期監測患者的白細胞計數,如果不能夠耐受,可以選用甲氨蝶呤。維持治療的療程應該根據具體的病情來決定,通常情況下不少于四年。