與化膿性腦膜炎的預后有關的因素是患病的年齡、致病菌的種類、病情的輕重、治療的早晚、有無并發癥和細菌對抗生素的敏感性等等。
嬰幼兒抵抗力較差,早期的診斷比較困難,所以預后較差。新生兒化膿性腦膜炎,病死率可以高達65%到75%,特別是宮內感染腸道細菌預后是極差的。
金葡菌和腸道細菌引起的患兒由于細菌耐藥,治療困難,病死率也是比較高的。肺炎鏈球菌特別是耐藥菌株所致的化膿性腦膜炎,病死率可以達到15%到25%,且容易復發和再發,甚至出現智力低下、耳聾和肢體癱瘓等后遺癥。流感嗜血桿菌腦膜炎的病死率大約是10%到15%。如果能早期明確診斷和及時正確的治療大多數是可以治愈的。