苯妥英鈉對大腦皮層運動區,有高度的選擇性抑制作用。因此苯妥英鈉有其副作用,常見的副作用,包括不良反應行為改變,笨拙,步態不穩,思維混亂,發音不清,手抖,神經質或煩躁易怒,這些反應往往是可逆的,一旦停用苯妥英鈉,這些副作用很快會消失。
另外較常見的有齒齦肥厚,出血,面容粗糙,毛發增生,偶可見到頸部或腋部淋巴結腫大,發熱或者是皮疹,還有白細胞計數減少、紫癜等副作用。罕見的副作用包括雙眼中毒性白血病,閉經,小腦損害,萎縮等,還可能導致嚴重的皮膚病變,如S-J綜合征和中毒性表皮壞死松解癥,以上均為苯妥英鈉副作用。