兒童系統性紅斑狼瘡發病急,進展快開始的時候就可以表現為多系統多臟器同時受累,沒有積極的救治,其預后遠遠比成人嚴重,特別是病情緩解后又復發的,并有不能預料的惡化,他的生存率在近三十年,本病的五到十年,病死率有明顯的下降趨勢。
由于早期診斷水平的提高,糖皮質激素,細胞毒性藥物的應用以及有效的處理合并癥,定期的隨訪,根據病情調整用藥和治療方案,該病2015年的存活率目前大于80%。
影響預后的原因,兒童系統性紅斑狼瘡的預后,與疾病的活動程度腎臟損害的類型和進展情況,臨床血管炎的表現,以及多系統受累的情況有關,彌漫性增殖性狼瘡腎炎和持續中樞神經系統病變的預后是最差的,兒童系統性紅斑狼瘡的死亡原因,常見的為感染,腎功能衰竭,中樞神經系統疾病和腦血管意外,肺出血,肺動脈高壓和心肌梗死等。