尿急、尿頻、尿痛的病因有許多,主要是膀胱和尿道疾病,包括感染性疾病如普通細菌、結核分枝桿菌、真菌、病毒、寄生蟲引起的膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、龜頭炎、陰道炎以及尖銳濕疣等。
非感染性炎癥如間質性膀胱炎、放射性膀胱炎、化學性膀胱炎等,結石如膀胱結石、尿道結石、輸尿管下段結石、以及膀胱、尿道、前列腺腫瘤等,還有膀胱和尿道內異物。膀胱瘺、尿道狹窄、處女膜傘異常、包莖等也可以引起尿急、尿頻、尿痛。
除了膀胱和尿道疾病外,腎盂腎炎、腎積膿、腎結核等腎臟疾病以及膀胱尿道鄰近的器官,如子宮卵巢結腸等疾病,也可以引起尿急、尿頻、尿痛,另外神經性膀胱等神經系統疾病,以及白塞病等全身性疾病,也可以引起尿急、尿頻、尿痛。