現在醫學認為,復發性口腔潰瘍首先與免疫有著很密切的關系,有的患者表現為免疫缺陷,有的患者則表現為自身免疫反應。其次是與遺傳有關系,在臨床中,復方性口腔潰瘍的發病有著明顯的家族遺傳傾向,父母一方或者多方若患有復發性口腔潰瘍,他們的子女就比一般人更加容易患病,另外復發性口腔潰瘍的發作還與一些疾病和癥狀有關系,比如說消化道疾病、胃潰瘍十二指腸潰瘍、慢性或遷延性肝炎、結腸炎。
另外消化不良、發熱、睡眠不足、過度勞累、工作壓力,月經周期的改變,還有就是維生素缺乏,包括維生素b、c也是復發性口腔潰瘍的重要原因,隨著一種或者是多種因素的活躍交替出現,機體免疫力下降,致使復發性口腔潰瘍頻繁發作。