任何致病菌都可以引起尿路感染,但絕大多數為革蘭陰性桿菌感染,如大腸桿菌、副大腸桿菌、變形桿菌、產氣桿菌、厭氧桿菌、綠膿桿菌,其中以大腸桿菌最為多見,占60%到70%。
球菌引起者較少見,主要為葡萄球菌及糞便球菌,引起尿路感染的主要途徑上行性感染,致病菌從尿道上行進入膀胱,引起膀胱炎,然后再由輸尿管兒蔓延至腎臟,導致腎盂腎炎,這是尿路感染最常見途徑。
血液性感染,致病菌從腎外任何部位的感染,經血液播散至腎臟而引起尿路感染,如骨髓炎、敗血癥。并發性的腎盂腎炎,血源性的腎盂腎炎較少見,其致病菌主要為金葡萄菌,引起尿路感染的主要途徑淋巴腺感染。
當結腸病變時,結腸細菌可經淋巴管播散至腎臟,因結腸與右腎之間有淋巴管相連。