有可能是飲食改變和腐蝕刺激嬰幼兒胃腸蠕動節律比較大的變換期間容易引發腸蠕動紊亂,且外界引起腸套疊的因素比較多,如增添輔食或食物性質,環境氣溫的改變,腸管本身疾病,如腸炎等誘發腸蠕動紊亂而引起腸套疊,或者是局部解剖的因素,嬰幼兒回盲部較游動,回盲瓣呈唇樣凸入盲腸,當回腸蠕動發生異常時,即可牽拉腸壁形成套疊。
在病毒感染或其他原因引起回盲部及淋巴結腫大的因素,小兒腺病毒和輪狀病毒感染后可引起末端回腸集合淋巴結增生,局部腸壁增厚甚至形成腫物向腸腔凸起,構成套疊起點,加之腸道受病毒感染或其他原因的刺激,蠕動增長導致發病。