因志賀菌對抗生素耐藥性的逐年增長,并且多呈多重耐藥性的趨勢,故拉痢疾需要根據當地流行菌組的藥敏試驗,或者是患者大便培養的藥敏結果選擇敏感的抗生素進行治療。常用的口服藥物有喹諾酮類,諾氟沙星,氧氟沙星,環丙沙星等,還可選用復方磺胺甲惡唑以及頭孢克肟等抗生素治療。中藥方面可以選擇黃連素,但需要注意喹諾酮類藥和復方磺胺甲惡唑耐藥性的增加以及其副作用。
兒童和小于十八歲的青少年,不宜采用喹諾酮類藥物,以免影響骨骼生長、發育,導致骨骼畸形等。有肝病、腎病、磺胺過敏和白細胞減少癥者,忌用復方磺胺甲惡唑。拉痢疾的患者多有脫水,為了保持水,電解質酸堿平衡,無論有無脫水表現的患者均應口服補液鹽治療,當患者出現痙攣性腹痛時可以給予顛茄片進行止痛、解痙,當患者發熱時,以物理降溫為主,如有高熱可以給予退熱藥物治療如芬必得等。