臨床上十二指腸潰瘍的特征主要在于它的臨床表現,一般來說,患者主要表現為上腹部疼痛,而且可以為鈍痛、灼熱的疼痛,而且還可以為脹痛或者劇痛,也可以表現為僅僅在饑餓時感到隱痛不適,而且比較典型的患者的臨床特征一般表現為輕度或者中度的劍突下持續性的疼痛,可以被制酸劑或者進食以后緩解。
在臨床上約有三分之二的患者的疼痛呈現節律性,早餐以后一到三個小時開始出現上腹部疼痛,這是最具有特征性的表現。如果患者不服藥或者不進行飲食,則要持續到午餐以后才緩解。餐后兩到四個小時,患者又開始出現疼痛,進餐以后可以緩解,約有半數的患者有午夜時分的疼痛,半夜可以常常疼醒,而且節律性的疼痛大多持續幾周,而且如果患者不進行治療的話,可以反復的發生。