女性兒童孤獨癥的治療,一個就是抗精神病藥物的應用,就是改善沖動、傷人、自傷、吵鬧等行為。常用的藥物目前主要是非典型的抗精神病藥,像利培酮、阿立哌唑、奧氮平、喹硫平等等。有相關的文獻報道利培酮和奧氮平,能夠消除患者伴隨的精神病性癥狀,改善興趣范圍狹窄和刻板、重復的行為模式。
建議青春期女性選擇對月經影響小的藥物像阿立哌唑,喹硫平等等。第二類就是抗抑郁藥,目前控制不良情緒的藥物應用選擇性五羥色胺再攝取抑制劑,像氟西汀,帕羅西汀,舍曲林等藥物。其它的一些藥物,納曲酮5到20毫克每天,也有報道說可以增加兒童孤獨癥患兒的社交行為。