造成陰莖疼痛的常見病因是陰莖感染了生殖器皰疹,在并發疹子長出來之前,受感染的部位會有持續五到六天的燒灼、發癢和疼痛的現象,隨后在表皮上就可以發現明顯的看得見的潰瘍。一旦這些水泡、潰瘍、潰傷逐漸愈合則疼痛的癥狀也會隨之消失。這一次發作過皰疹之后有些患者會持續好幾個月、好幾年甚至終生都不再復發,但是有些病人卻經常有復發的情形。
引起陰莖疼痛較不明顯的常見原因主要有陰莖癌,要辨認陰莖癌并不困難,從器官的表面就能看得出。形成病變的組織除非是受到了感染,否則陰莖癌通常都不會引起疼痛,治療這個疾病施行外科手術進行治療。
有時陰莖的疼痛源自于性生活因為勃起所導致的疼痛,當血凝塊在勃起陰莖的動脈里形成時,就會阻止血液從陰莖流出以通往身體其他部位。