腦栓塞最多見的栓子約75%的栓子栓塞與腦部,引起腦栓塞的常見的心臟疾病有心房顫動、心臟瓣膜病、感染性心內膜炎、心肌梗死、心肌病、心臟手術、先天性心臟病,來自體循環靜脈系統的栓子經先天性心臟病,如房間隔缺損,卵圓孔未閉等異常通道,直接進入顱內動脈,而引起腦栓塞為反常栓塞,心臟黏膜瘤等。
少數病例利用現在檢查手段和方法查不到栓子的來源,正常人血液呈流態,血液中的有形成分能通過變形,順利通過微循環,如果血液內成分,如紅細胞聚集形成軸線物,也容易阻塞血管,人體血液循環中,某些異物隨血液流動,如來源于心臟的栓子。上述血凝塊動脈粥樣硬化,脫落的斑塊、脂肪、細胞及氣泡等稱為栓子,栓子進入腦循環,絕大多數雙子進入頸內動脈系統,因大腦中動脈實質上是頸內動脈的直接延伸。