結石的起因與身體的代謝異常、尿路的梗阻、感染、異物以及藥物的使用,有相關性。
首先,代謝異常。形成結石的物質排出增加,比如尿液中鈣、草酸、尿酸或胱氨酸排出量增加,長期臥床的患者,尿鈣會增加;痛風病患者,尿酸排出增加,都可能導致結石形成,風險增加,尿液PH值改變,在酸性尿中,容易形成尿酸和胱氨酸結石;在堿性尿中,容易導致磷酸鹽和磷酸鎂銨結石,尿中抑制晶體形成和聚集的物質減少,比如枸櫞酸減少,尿量減少,使尿液處于濃縮狀況。
局部因素,包括尿路感染、梗阻和尿路存在異物,均會誘發結石形成的因素增加,導致結石形成增加。而結石本身也是尿路異物,會加重梗阻和感染的程度。一些藥物,比如維生素D、乙酰唑胺也會導致結石形成的可能增加。