乙腦的主要傳染源是家畜、家禽,在流行期間豬的感染率可達100%,馬在90%以上,為本病重要的動物傳染源。
人被感染后僅發生短期病毒血癥且血中病毒數量較少,乙腦病人以及隱性感染者,作為傳染源的可能性很小。乙腦經過蚊蟲叮咬而傳播,能傳播本病的蚊蟲很多,已被證實的有庫蚊、伊蚊和按蚊。
豬是我國數量最多的家畜,由于它對乙腦病毒的自然感染率高,自然界總保持著大量的易感豬,構成豬-蚊-豬的傳播。叮咬過豬的蚊蟲攜帶病毒,然后再叮咬人,造成豬-蚊-人的傳播。由于乙腦的傳播與蚊蟲密切相關,本病主要發生在夏秋季節。