軍團菌常經供水系統、空調和霧化吸入治療等引起呼吸道感染,因此應特別注意在這些傳播途徑上消毒滅菌。
如果病原體來自空調系統,則應對空調系統的冷卻塔、蒸發器、輸送管道等進行清洗,除去污泥雜物以及滋生的原蟲、細菌,循環水需要進行消毒,常用的消毒劑為次氯酸鈉,也可以用加熱消毒法,水溫50到60攝氏度需要維持3小時,水溫65度時需要25分鐘才能完全殺滅軍團桿菌,可以通過鍋爐加熱使整個供水管道水溫升到70攝氏度以上,隨著沖洗所有的水龍頭、淋浴噴頭,也可以采用臭氧或者紫外線消毒。
中央空調系統在啟用前及使用中應當經衛生防疫部門進行軍團菌監測,發現污染有軍團菌時要做消毒處理,裝有空調的房間應該定時開窗通風,這是由于使用空調時房間門窗緊閉、室內空氣流通不良,空氣污染可以比室外高出數十倍數百倍,通風不良的環境又很適合微生物生長繁殖,不僅容易使人感染疾病,還會造成食物衣物的發霉變質。