慢性腎小球腎炎的病變主要就是循環免疫復合物以及抗原抗體在原位形成免疫復合物,激活補體引發炎癥反應。另外非免疫介導的腎臟損害,也會起重要作用,其中比較常見的病變主要就是腎小球病變引起的腎內動脈硬化,腎血流動力學代償性改變引起腎小球損害。
還有高血壓導致腎小動脈的硬化,長期高血壓導致缺血改變,腎小動脈狹窄、閉塞加速了腎小球的硬化。另外腎小球系膜的超負荷也會加重腎小球硬化,慢性腎小球腎炎病程進展緩慢,腎小球毛細血管逐漸被破壞,系膜基質以及纖維組織增生會導致整個腎小球纖維化、玻璃樣變,腎小管萎縮,間質炎癥細胞浸潤以及纖維化。最終腎組織有可能會被一些纖維組織代替,雙腎會縮小,所以說慢性腎小球腎炎往往是逐漸進展的過程,最終有可能會發展為尿毒癥。