胃腸道間質瘤占胃腸道惡性腫瘤的1%到3%的,早期的患者可能沒有一些特異性的臨床表現,病程可以短至數天,長至20年。對于惡性的胃腸道間質瘤病程是比較短的,可以在數月以內出現,良性或者是早期者可以是沒有癥狀的。
胃腸道間質瘤癥狀主要依賴于腫瘤的大小和位置,是沒有特異性的,胃腸道出血是最常見的一種癥狀,而肺門部的胃腸道間質瘤可以引起吞咽困難、吞咽不適的癥狀也很常見,部分病人還可以因為潰瘍穿孔來就診。同時可以增加腹腔種植和局部復發的風險,常見癥狀就是腹痛、包塊、消化道出血以及胃腸道梗阻的癥狀,腹腔播散還可以出現腹水、惡性胃腸道間質瘤可以有體重減輕和發熱的癥狀。