一般腸炎多數由病毒或者非侵襲性細菌所致,一般不用抗生素。
如果是伴有明顯中毒癥狀,不能用脫水解釋者,尤其是對重癥患兒、新生兒、小嬰兒和衰竭嬰兒應選用抗生素治療。而出現黏液膿血便的患者,多數是由侵襲性細菌感染引起的,應該根據臨床特點,針對病原,經驗性選用抗菌藥物。然后,再根據大便細菌培養和藥物敏感實驗結果進行調整。
大腸埃希菌、空腸彎曲菌、耶爾真菌屬傷寒沙門菌所導致的感染,常選用抗革蘭陰性桿菌的以及大環內酯類抗生素,常用的有頭孢菌素等等。
而對金黃色葡萄球菌腸炎、假膜性腸炎、真菌性腸炎應該立即停用原來使用的抗生素,根據癥狀選用苯咗西林鈉、萬古霉素、利福平、甲硝唑或者抗真菌藥物。