目前臨床上較常見的引起成人扁桃體發炎的原因大多是細菌感染,或者細菌和病毒的混合感染。乙型溶血性鏈球菌是引起扁桃體發炎的主要致病菌,非溶血性鏈球、菌葡萄球菌、肺炎鏈球菌、流感桿菌,及腺病毒和鼻病毒也可引起扁桃體發炎。細菌和病毒混合感染目前在臨床上也不少見,近年來還有發現厭氧菌感染者,革蘭陰性桿菌感染有上升的趨勢。
正常人咽部及扁桃體隱窩內存留著某些病原體,當人體抵抗力降低時病原體大量繁殖,毒素破壞隱窩上皮,細菌侵入扁桃體實質發生炎癥。受涼、潮濕、過度勞累、煙酒過度、有害氣體刺激、上呼吸道有慢性病灶存在等均可誘發扁桃體的炎癥,急性扁桃體的病原體可通過飛沫和直接接觸而傳染。通常呈散發性,偶有群體發生,因此急性扁桃體患者要適當的進行隔離。