大多數的急性心肌炎患者經過適當的治療后能夠痊愈,不遺留任何癥狀和體征。極少數的病人在急性期,因為嚴重的心律失常,急性的心衰和心源性休克而死亡,病死率低于5%,10%到25%的急性病毒性心肌炎痊愈后可復發。部分患者急性期后心肌瘢痕形成,而遺留一定程度的心臟擴大,心功能衰退,心律失常,或者是心電圖變化。
還有一部分病毒性心肌炎,因心肌損害持續發展產生頑固性心衰,臨床表現類似充血性的心肌病。心功能有時候在經過數年后治療可能逐漸改善甚至可轉到正常并維持穩定,少數病人因房室傳導阻滯需要安置人工心臟起搏器來治療。