在服用甲硝唑期間大約有15%到30%的有出現不良反應。一般以消化道的反應最為常見,包括惡心嘔吐、食欲不振、腹部絞痛,這種情況一般不影響治療。
神經系統的不良反應有:頭痛眩暈,偶爾會有感覺的異常,肢體麻木共濟失調,還有多發性神經炎的副作用出現,大劑量可致抽搐。少數病例有發生蕁麻疹、潮紅、瘙癢、膀胱炎、排尿困難、口中金屬味兒以及白細胞的減少等。
由于甲硝唑的代謝產物可使尿液成深紅色,這些的不良反應一般都屬于可逆性,停藥后會自行恢復。
如果原來有肝臟疾病患者劑量應減少,出現運動失調或者其他中樞神經系統癥狀的時候應該停藥,厭氧菌感染合并腎功能衰竭的給藥的時間間隔應該延長,由8小時延長到12小時,由于甲硝唑能夠抑制酒精代謝,用藥期間應該戒酒,飲酒后有可能出現腹痛、嘔吐、頭痛等癥狀。