腎結石最壞情況是硬結石阻礙了尿液排出,細菌不能及時排出體外。嚴重時可導致敗血癥,危及生命。腎結石還會導致腎功能不全。腎結石在合并尿路梗阻時尤其是雙側尿路梗阻或在此基礎上合并嚴重感染,病人可能出現腎功能不全。當梗阻解除或感染得到有效控制,部分病人腎功能可好轉或恢復正常。
腎結石可導致腎鈣質沉積癥。鈣質在腎組織內沉著,多發生于有高血鈣患者,原發性甲狀旁腺功能亢進,腎小管酸中毒和慢性腎盂腎炎患者可有腎鈣質沉淀。鈣質主要沉淀在髓質內,病變嚴重時全部實質都可有鈣沉著,導致間質纖維化,腎小球硬化和腎小管萎縮。
腎結石可導致腎組織為脂肪組織代替,腎結石腎盂腎炎的腎組織萎縮后可被脂肪組織所代替,腎臟維持其原型。但普遍縮小,腎包膜與腎的表面緊密黏連,腎組織萎縮而硬化。嚴重病例所剩腎組織極少,甚至完全消失,腎實質與腎盂腎盞間為灰黃色的脂肪組織所填充。