首先疼痛是早期肛瘺的一個主要的癥狀,瘺管通常無炎癥的時候,一般沒有疼痛,只有肛門的局部有一些腫脹感,行走的時候可能會加重,若外口已經封閉,瘺管寄存了太多的糞便和一些膿液,然后這些物質進入瘺管之后就會引起疼痛的加重,或者是大便的時候疼痛劇烈。
第二,出現一些瘙癢的癥狀,這是因為肛門部的皮膚由于這些膿液,以及其他排出物的刺激,常常會造成皮膚瘙癢的癥狀,一般的比較嚴重可以形成一個肛周濕疹的癥狀。
第三,排膿是輕度肛瘺癥狀中主要的癥狀,一般來說新瘺管排膿是比較多的,出現一些黃色粘液,如果是瘺管的時間比較長的話,可能膿液時有時無,稀淡如水,如果膿量突然間增加了,這可能是又形成新的一個瘺管,瘺管有時會暫時的封閉,不排膿液,從而出現腫痛,體溫升高。
第四,會出現一些瘢痕,由于瘺管壁及瘺管的反復刺激致纖維組織增生,管壁和瘺口形成了一些結締組織等等。