?腎盂腎炎最常見的病原菌為革蘭陰性桿菌，其中以大腸埃希菌最為常見，其次為克利伯桿菌、變形桿菌、檸檬酸桿菌屬等。
大腸埃希菌最常見于無癥狀性的細菌尿，非復(fù)雜性的尿路感染或者是首次發(fā)生的尿路感染。醫(yī)院內(nèi)的感染復(fù)雜性或者是復(fù)發(fā)性的腎盂腎炎，尿路器械檢查后發(fā)生了尿路感染則多為腸球菌、變形桿菌、克雷伯桿菌和銅綠假單胞菌所致。
其中變形桿菌常見于伴有尿路結(jié)石的患者；銅綠假單胞菌多見于尿路器械檢查后；金黃色葡萄球菌則常見于血源性尿路感染，腺病毒可以在兒童和一些年輕人中引起急性出血性膀胱炎甚至引起流行。一般因素包括，尿路梗阻、任何妨礙尿液自由流出的因素比如結(jié)石、前列腺增生狹窄、腫瘤等均可以導(dǎo)致尿液積聚細菌不易被沖洗清楚，而在局部大量繁殖引起感染。
其他的還有機體的免疫功能低下，比如長期使用免疫抑制劑、糖尿病、嚴(yán)重的慢性病等。醫(yī)源性因素比如導(dǎo)尿留置導(dǎo)尿管、膀胱鏡和輸尿管鏡檢查等也可以導(dǎo)致尿路黏膜損傷，如果將細菌帶入泌尿道易引發(fā)上行性的感染。泌尿系統(tǒng)結(jié)構(gòu)的異常比如腎發(fā)育不良、腎盂及輸尿管畸形等，也是尿路感染的易感因素。
