腎盂腎炎的病原微生物檢測,格蘭陰性桿菌為尿路感染最常見的病原菌,其中以大腸埃細菌最為常見,約占全部尿路感染的85%,其次為克利伯桿菌,變形桿菌,檸檬酸桿菌實物等,約5%到15%的尿路感染是由革蘭陽性細菌引起,主要是腸球菌和凝固酶陰性的葡萄球菌,大腸埃細菌最常見于無癥狀性的細菌尿,非復雜性的尿路感染或者是首次發生的尿路感染。
醫院內感染復雜性或者是復發性的尿路感染尿路器械檢查后發生了尿路感染,則多為腸球菌,變形桿菌,克雷伯桿菌和銅綠假單胞菌所致。其中變形桿菌常見于伴有尿路結石的患者,銅綠假單胞菌多見于尿路器械檢查后;金黃色葡萄球菌則常見于血源性的尿路感染,腺病毒可以在兒童和一些年輕人中引起急性出血性膀胱炎,甚至會引起流行。此外結核分枝桿菌、衣原體、真菌等也可以導致尿路感染。