一、初期,病程第一周起病緩慢,發熱體溫上升可在五到七天內高達39至40攝氏度。
二、病程第二周到三周,多呈稽留熱。持續10至14日,會出現相對緩慢,腹脹便秘癥狀。神經系統癥狀有反應淡漠,重癥者成譫妄和昏迷,多數病人可有肝脾腫大、肝功能異常狀況。
三、緩解期,病程的三到四周體溫逐漸下降,各種癥狀逐漸減輕,仍可能出現各種并發癥。
四、恢復期、病程的第五周,體溫恢復正常。
腸傷寒除了普遍型、爆發型、遷延型、小兒型和老年性等多種類型,腸傷寒常見的并發癥有腸出血、腸穿孔、中毒性心肌炎等,其中以腸出血、腸穿孔為主要嚴重的并發癥。