由于核磁共振機器以及核磁共振檢查室內存在非常強大的磁場,因此裝有心臟起搏器者以及血管手術后留有金屬夾、金屬支架者,或者其他的冠狀動脈、食管、前列腺、膽道進行金屬支架手術者,是絕對的禁止做核磁共振檢查的,否則由于金屬受強大磁場的吸引而移動,將可能產生嚴重后果以及導致生命危險。一般在醫院的核磁共振檢查室門外,都有紅色或者是黃色的醒目標志,注明絕對嚴禁進行核磁共振檢查的這種情況。
身體內有不能除去的其他金屬異物,如金屬內固定物、人工關節、金屬假牙、支架、銀夾、彈片等金屬存留者為檢查的相對禁忌,必須檢查時應嚴密觀察,以防檢查中金屬在強大磁場中移動而損傷鄰近大血管和重要組織,產生嚴重后果,如無特殊必要一般不要接受核磁共振檢查。有金屬避孕環及活動的金屬假牙者,一定要取出后再進行檢查。