小腸炎的治療以加強全身支持療法,糾正水電解質的失常,解除中毒癥狀,積極防治中毒性休克和其他并發癥為主要治療原則。選擇抗生素控制腸道內的感染可減輕臨床的癥狀。常用的抗生素有氨基青霉素、氯霉素、慶大霉素、卡那霉素等等。注意糾正水電解質的紊亂,可以根據病情酌定輸液總量和成分,防止失鈉失鉀。
得了小腸炎要注意休息、禁食。如果有腹痛、便血和發熱期,應該完全臥床休息和禁食,一直到嘔吐停止、便血減少、腹痛減輕的時候,方可進流質飲食,然后再逐漸的增加飯量。禁食期間應靜脈輸入高營養液,如葡萄糖、復方氨基酸和水解蛋白等,過早攝取食物可能導致疾病復發,但過遲又可能影響營養狀況,延遲疾病的康復。