慢性腎盂腎炎的病理的表現,是腎組織活動性炎癥與修復、纖維化及瘢痕形成的綜合改變。因病情和病程不同,病變可累及一側或雙側腎臟,雙側腎臟損傷程度可不相同,病變分布也不均勻,呈不規則灶性、多灶性或片狀。
大體解剖可見腎包膜蒼白,不易剝脫。腎外表因瘢痕收縮而凹凸不平,腎盂及腎盞擴大,腎盂腎盞黏膜及輸尿管管壁增厚,腎皮質激及乳頭處瘢痕形成,腎髓質變形,皮髓質分界不清,嚴重者腎實質管方萎縮。
光鏡下腎間質可見淋巴細胞單核細胞浸潤,急性發作期還可見中性粒細胞浸潤,伴不多程度腎間質纖維化,大量腎小管萎縮和消失,早期腎小球相對正常,晚期腎小球荒廢。