臨床上三個最主要癥狀為腹痛、嘔吐和果醬般血便,當腸道前后相套造成部分阻塞時,嬰兒就開始產生陣發性腹部絞痛顯得躁動不安,雙腿屈曲,陣發性啼哭,并常合并嘔吐。當陣發性疼痛過后嬰兒顯得倦怠、蒼白及出冷汗,此時父母若未警覺或者醫師也沒檢查出來,幾個小時后嬰兒開始解出果醬般的血便。這是因為腸管套牢后腸壁出血混著腸黏液所造成的血便,此時若再不及時送醫,很容易造成腸壞死甚至腹膜炎。
當寶寶出現陣發性的腹痛、啼哭及嘔吐時,父母應該立即帶寶寶去醫院檢查,當然這些癥狀有可能是其他原因造成,例如腸胃炎、便秘等,但是有經驗、警覺性高的醫生一定會幫寶寶檢查是否有腸套疊的可能性。可在左右下腹摸到似香腸的腫塊或做肛診時可見手套上有血液黏便,有時寶寶因躁動不易檢查可用鎮靜劑,或等寶寶熟睡后再仔細觸摸腹部檢查。