大多數的反應性關節炎病人在發病后兩到六個月后都可以完全從開始發病時的狀態中得到解脫,并且可以回到正常的生活中去,在這些病例中有時關節炎的癥狀可能要持續一年之久。雖然這些癥狀比較輕微并可能不會影響到日常生活,大約有20%的反應性關節炎病人會遺留有慢性的關節病但通常并不會很重。
研究表明有15%到50%的病人可能在關節癥狀消失后的某一時間過去的關節炎會表現卷土重來。后者的出現有可能是重新發生感染的結果,背痛和關節炎是再次可能重復出現的最普遍癥狀。有一些病人的關節炎表現難以治療形成慢性病程并造成嚴重的關節損害,背痛綜合征的反應性關節炎經數月的治療可自行緩解。如關節炎,脊柱炎反復的發作病程可長達十年,少數病人可因此發生關節強直并主動脈關閉不全,心臟的傳導阻滯,iga腎病等。