在臨床上肛瘺可能會(huì)有以下幾點(diǎn)的癥狀，比如疼痛，若瘺管的引流通暢，一般患者可能感覺(jué)不到疼痛，會(huì)感覺(jué)到肛門(mén)墜脹不適的感覺(jué)，行走時(shí)可能會(huì)加重。若外口暫時(shí)的閉合或者是引流不暢，膿液積聚，出現(xiàn)感染造成局部的脹痛或者是一些跳痛的癥狀。患者傷口處會(huì)出現(xiàn)一些流膿的癥狀，膿液的多少與性質(zhì)與瘺管的長(zhǎng)短、粗細(xì)以及內(nèi)管的大小都有很大的關(guān)系，一般初期流膿比較多，膿液的性質(zhì)味臭、色黃，但是隨著時(shí)間延長(zhǎng)，膿液可能會(huì)減少，或者是時(shí)有時(shí)無(wú)，呈間歇性的流膿。
患者也會(huì)出現(xiàn)一些瘙癢的癥狀，分泌物會(huì)反復(fù)的刺激周?chē)つw，造成皮膚的潮濕，瘙癢，甚至?xí)鸶亻T(mén)濕疹的疾病，出現(xiàn)皮膚的丘疹，或者是一些表皮的脫落，長(zhǎng)期不愈可致使皮膚增厚，呈一些苔蘚的樣變。
還會(huì)造成患者排便不暢，一般肛瘺不影響排便，但是一些高位復(fù)雜性的肛瘺，或者是一些馬蹄型的肛瘺，一些炎癥刺激，會(huì)引起肛管直腸的纖維化，或者是瘺管?chē)@肛管形成帶環(huán)狀的纖維條索，造成排便不暢。
