流行性乙型腦炎是乙型腦炎病毒引起的,當人體被攜帶乙型腦炎病毒的蚊蟲叮咬之后,乙型腦炎病毒先在局部的組織內進行繁殖,徑直進入一些血瘤和血管內皮細胞。其他的像骨髓淋巴結,脾臟,腎臟等內臟進一步的繁殖。當人體的抗病能力強時,可能僅僅會短暫的形成一種病毒上的血癥,病毒就會出現逐漸過消滅。
臨床上可能不表現為明顯的癥狀,而當抵抗力降低或者是大量的病毒感染時,尤其是在十歲以下的兒童,由于本身的體質較弱,就會使病毒經過血循環,通過這種沒有發育完全的血道屏障,侵入到中樞神經系統,而引起廣泛的神經系統改變,造成高熱抽搐,腦膜刺激征,意識障礙,昏睡甚至昏迷等比較嚴重的臨床癥狀。甚至在并發癥上可能會造成呼吸衰竭等危及生命的情況。乙型腦炎本身的病死率就較高。