關于本病的臨床表現不同的年齡段發病各有不同特點,新生兒尿路感染的臨床表現以非特異癥狀為主,主要是發熱、驚厥、煩躁、嘔吐、腹脹、便秘及麻痹性腸梗阻、皮膚蒼白和青紫、呼吸不規則、體重不增加等,黃疸卻為最為常見發生率達百分之七十五至百分之一百,甚至是早期唯一的癥狀,且常驟起。
新生兒尿路感染伴發黃疸的機理尚未完全清除,多數學者認為與溶血和肝細胞損害有關,部分患兒排尿時可出現痛苦面容及前屈體位等,體檢可見營養不良,半數以上患兒可無發熱甚至體溫不高,部分病例可有輕度肝脾腫大,大多數患兒都有不同程度的貧血,血清總膽紅素升高,生后一周內出現黃疸未結合膽紅素升高為主,而兩至三周后出現者以結合膽紅素升高為主,尿培養以大腸桿菌為主,其次為產氣桿菌,部分患者血培養陽性,且細菌與尿培養一致,有的病例可伴有輕度肝腎功能異常,但隨著疾病的好轉而迅速恢復正常,不少患兒只表現為無癥狀性菌尿。