子宮內膜異位癥的臨床表現多種多樣,病變的部位不同,它的臨床表現也不相同。它的病癥大多與月經周期相關。其中常見的有疼痛、月經的異常和不孕癥。疼痛是子宮內膜異位癥的主要癥狀,可以表現為痛經、慢性的盆腔痛、性交痛以及肌膚痛。
痛經是子宮內膜異位癥的典型癥狀,主要表現為繼發性的痛經,隨著病情的進展而進行性的加重。典型的痛經對于月經開始前一到兩天出現,月經第一天最激烈,以后會逐漸減輕。疼痛多位于下腹部或者腰底部,可以放射到會陰、肛門或者是大腿。另外大約有百分之三十的人可以出現性交的疼痛,這樣的性交痛一般表現為深部的性交痛,月經來潮前,性交的疼痛更加明顯。