慢性腎功能衰竭最常見的原因是腎小球腎炎,它是慢性腎衰竭病因的首要病因,其次就是一些系統性的先天畸形,比如腎發育不良、先天性的多囊腎、膀胱輸尿管反流等。
另外還有遺傳性的一些疾病,比如遺傳性腎炎、腎髓質囊性病。還有全身系統性疾病,以腎小動脈硬化、高血壓、結締組織病比較多見。關于慢性腎功能衰竭的原發病,多種多樣,其中間質性腎小管損害,也是引起慢性腎功能衰竭的一個原因。另外糖尿病、腎病、自身免性疾病以及結締組織疾病的損害,也是導致慢性腎功能衰竭的原因。
慢性腎功能衰竭的發生機制,主要包括尿毒癥毒素學說、腎小球高濾過率學說、高脂代謝紊亂學說等,但是還沒有一種學說,能夠完全的解釋腎衰竭的全部過程。