自身免疫性胃炎病理表現為胃體彌漫性萎縮,而胃竇黏膜基本正常,內源性和外源性的各種有害因素,均可引起胃黏膜損傷,胃壁細胞抗原滲出,并致敏免疫細胞引起免疫反應,造成胃黏膜慢性炎癥,繼而而通過體液免疫,產生抗胃壁細胞抗體,抗胃壁細胞抗體的靶器官為胃壁細胞。
由于胃體腺體及胃壁細胞被破壞,胃泌酸功能明顯降低或無酸,并引起血清胃泌素水平反饋形式升高,主細胞的破壞,可導致胃蛋白酶原減少,胃酸缺乏影響鐵的吸收,導致缺鐵性貧血,胃泌素可促進嗜絡細胞瘤增生,使嗜絡蛋白a水平升高,有可能發展為胃內癌、胃底、胃體萎縮,可出現腸上皮化生或非典型增生。