川崎病的病因目前尚不明確,但是大量的流行病學和臨床的觀察顯示,川崎病是由感染所致,鑒于這種自限性的疾病所表現出的發熱,皮疹,結膜充血,頸淋巴結腫大,以及好發于兒童,爆發流行性時,明顯的地域分布,都提示其發病與感染有關,然而,標準的和更先進的病毒及細菌的檢測手段和血清學檢查,均無法確定微生物是致病的唯一原因。
盡管最初曾報道有大量可能感染因素,包括eb病毒,人類皰疹病毒,人類細小病毒等,但進一步研究均無法證實,在日本及美國,由于暴發流行期間,曾有某些家庭有洗滌地毯的經歷,所以家庭中的塵螨也被認為是致病菌因素,同樣也是偶然才發現,其他多種環境因素也被認為是致病因素,包括使用某些藥物,接觸寵物以及免疫反應,但都未被確認。