對于潰瘍性結腸炎的治療方法有藥物治療,利用非甾體類的抗炎藥可以迅速的減輕關節腫脹和疼痛,并可以增加活動范圍。通過免疫抑制劑,包括柳氮磺嘧啶,是治療輕中度的潰瘍性結腸炎的主要藥物。對于甲氨蝶呤活動期潰瘍性結腸炎,是通過柳氮磺嘧啶或者是非甾體類抗炎藥治療無效是可以選用的。
還有硫唑嘌呤,主要是用于重癥的頑固的病人。還有環孢素a,主要是用于靜脈使用激素無效的重癥爆發型的患者,而且糖皮質激素可以使用口服或者是關節腔局部應用,可以減輕外周關節的滑膜炎,對于骶髂關節和脊柱炎是沒有效果的。
也可以通過生物制劑,目前使用的有三種單抗治療的,應該用阿達木單抗,大多數的患者病情是可以獲得迅速改善,包括中毒或者是激素免疫抑制劑沒有效或者是不能耐受的潰瘍性結腸炎的患者。