根據蛋白質結構來分,嬰兒配方粉分為完整蛋白的普通配方適用于母乳不足的正常嬰兒,部分水解配方適用于有過敏風險嬰兒預防過敏。深度水解配方治療牛奶過敏引起的常見病癥。氨基酸配方適用于診斷和治療牛奶蛋白過敏的嬰幼兒。
而根據脂肪分,分為長鏈脂肪配方的普通的配方粉,適用于正常嬰幼兒。中長鏈配方適用于腸道功能不良,如慢性腹瀉腸道發育異常,腸道大手術之后早產兒的情況。
根據碳水化合物分為全含乳糖的普通配方適用于正常嬰兒。部分乳糖配方適用于胃腸功能不良時,比如早產兒和胃腸受損者,而無乳糖配方適用于急性腹瀉,特別是輪狀病毒性腸炎以及先天性乳糖不耐受者。