用于牙周病的藥物主要包括全身用藥和局部用藥。全身用藥主要是全身口服應用抗菌藥物,主要包括硝基咪唑類藥物,甲硝唑、替硝唑和奧硝唑。四環素類藥物,包括四環素,米諾環素和多西環素。青霉素類藥物主要是阿莫西林,大環內酯類藥物主要是螺旋霉素。
而用于牙周病的局部藥物包括有含漱藥物,主要是0.12%到0.2%的氯己定溶液,它是目前已知效果最確切的抗菌斑藥物。第二類是涂于局部的,收斂消炎的,包括有碘伏、碘甘油。第三類是沖洗藥物,可以用于齦上沖洗和齦下袋內沖洗,主要是3%的過氧化氫溶液和0.12%到0.2%的氯己定溶液。還有控釋和緩釋的抗菌藥物,主要是2%的米諾環素軟膏和20%的甲硝唑凝膠棒。