中毒型菌痢是以2-7歲的兒童比較多見,成年人也偶有發生。它的主要臨床特點就是起病急,突然發生畏寒、高熱,病勢兇險,全身的中毒癥狀嚴重,可有嗜睡、昏迷以及抽搐,可迅速發生循環和呼吸衰竭。臨床上面以嚴重的毒血癥狀、休克和中毒性腦病為主,而局部的胃腸道癥狀很輕或者沒有胃腸道癥狀的表現。開始的時候可以沒有腹痛或者是腹瀉的癥狀,但是在發病24小時之內,可以出現痢疾樣的糞便。
按臨床表現可以分為休克型、腦型和混合型三型。休克型主要是以感染性休克為主要表現,如面色蒼白、四肢厥冷、心率加快、血壓下降等。腦型是以中樞神經系統的癥狀為主要表現,如頭痛、頻繁嘔吐、煩躁、驚厥、昏迷等等。