附睪炎的治療大致可分為:內科藥物治療和外科手術治療。對待不同的患者、面對不同的情況,治療手段可單一、可中和,在其選擇上要注意因人而異;
藥物治療:主要是按照細菌培養的結果,以及抗菌藥物敏感實驗,來選擇對細菌敏感的抗生素;常規選擇靜脈途徑給藥,一般治療1~2周后,改為口服藥2~4周以防止轉為慢性。
手術治療:絕大多數附睪炎患者在藥物治療后,癥狀會自行消失,但是會有一小部分可能會出現膿腫,需要手術切開引流,如果發展成慢性附睪炎,伴有局部劇烈疼痛,反復發作,影響生活和工作,可考慮附睪切除術;另外對同時存在的前列腺炎、精囊炎、及尿道炎亦需進行治療。