胃食管反流最主要的臨床表現是出現嘔吐,新生兒和嬰幼兒以嘔吐為最主要表現,85%患兒在生后第一周就出現嘔吐,嘔吐的程度輕重不一,多數發生在進食后,有時在夜間或者空腹時,嚴重者可以呈現噴射狀,嘔吐物為胃內容物,有時含有少量膽汁,也可以表現為漾奶或者吐泡沫。
第二個臨床表現出現返流性食管炎,它導致的常見癥狀有燒灼感、咽下疼痛嘔血和便血,食管炎嚴重者可發生糜爛或者潰瘍,出現嘔血或者黑便癥狀,嚴重的反流性食管炎可以發生缺鐵性貧血。
第三是出現barrett食管,是由于慢性胃食管反流、食管下端的鱗狀上皮被增生的柱狀上皮所替代,導致抗酸能力增強,但是更容易發生食管潰瘍,狹窄和腺癌,潰瘍較深者可發生食管氣管瘺。