首先應該與賁門失遲緩癥相鑒別。賁門失遲緩癥又稱賁門痙攣,它是指食管下括約肌松弛障礙,導致的食管功能性梗阻,在嬰幼兒表現為喂養困難,嘔吐,重癥者可以伴有營養不良,生長發育遲緩,年長兒可以訴胸痛和燒灼感、反胃,通過x線鋇餐造影,內鏡以及食管側壓這些檢查可以確診。
對于以嘔吐為主要表現在新生兒、小嬰兒應該排除消化道器質性病變,比如,先天性肥厚性幽門狹窄、胃扭轉、腸旋轉不良,環狀胰腺以及胎糞性腹膜炎等,對于反流性食管炎伴并發癥的患兒,必須排除由于物理性、化學性、生物性等致病因素所引起組織損傷而出現的類似癥狀。