嘔吐是本病的主要癥狀,一般在生后兩到四周,少數在出生后一周發病,也可以遲至生后兩到三個月發病,開始為溢乳,逐日加重,呈噴射性嘔吐,幾乎每次吃奶后均嘔吐,多于喂奶后不到半小時即吐,自口鼻涌出,吐出物為帶凝塊的乳汁,不含膽汁,少數患兒因嘔吐頻繁,使胃黏膜毛細血管破裂出血。
嘔出物可含咖啡樣或者血樣,患兒食欲旺盛,嘔吐后饑餓欲食,嘔吐嚴重時大部分食物被吐出,致使大便次數減少和少尿。
胃蠕動波是本病的常見表現,但是并非特有體征,蠕動波從左季肋下向右上腹部移動,到幽門即消失,在喂奶或者嘔吐前容易見到,輕拍上腹部常可引出。
右上腹腫塊是本病的特有體征,具有診斷意義。用指端在右季肋下腹直肌外緣處,輕輕向深部按捫,可以觸到橄欖形光滑質較硬的腫塊,可以移動。